Fold It! est un nouveau programme de recherche en ligne : http://www.fold.it/
Ce programme de recherche a été mis au point par le groupe de recherche du Dr David Baker (Rosetta@home), université de Washington.
Cette fois-ci, on ne fait plus uniquement appel à la puissance de calcul de votre ordinateur, mais on vous demande également de réfléchir, de triturer une protéine pour aboutir à la meilleure structure.
La recherche s'organise à la façon d'un jeu ou d'un puzzle qui consisterait à trouver la protéine la plus adéquate pour résoudre un problème donné.
Il y a également un concours du "meilleur joueur", de la "meilleure équipe". Un classement général, et un classement pour chaque puzzle
 
 
Pour vous inscrire :
Inscription : http://www.fold.it/portal/user/register
Ensuite il faut télécharger le programme (Windows XP ou Vista, Mac OS (Intel)) qui fait ~50 Mo
Puis pour finir rejoindre l'Alliance Francophone : http://www.fold.it/portal/node/61909 (appuyer sur "join this group" )
Une fois le logiciel téléchargé, il faut l'installer (Fold It!), puis vous pouvez commencer à vous amusez avec.  
Il un tuto au début du jeu, il pour l'instant en anglais.
 
voilà les articles qui sont parus aujourd'hui dans la presse :
 
MIT Technology Review : http://www.technologyreview.com/Biotech/20738/
The Economist : http://www.economist.com/science/d [...] d=11326188
Science Daily : http://www.sciencedaily.com/releas [...] 122520.htm
Howard Hughes Medical Institute : http://www.hhmi.org/news/foldit20080508.html
 
A noter aussi que lorsque l'on joue à un puzzle, il y a un chat pour communiquer avec les participants qui jouent en même temps que nous sur le puzzle. Ce qui permet de s'échanger des conseils par exemple.
 
Quelques articles important :
 
- Devenir un expert du repliement des protéines en 4 leçons
- Le contenu scientifique du projet
- Foldit! Devenir prix Nobel ou faire ses devoirs, cruel dilemme (traduction d'un article du journal The Economist)

J'y ai pas pensé tout de suite, mais d'après moi une adaptation du jeu sur nintendo DS, sur la Wii et sur la PSP serait surement très apprécié
Au lieu de jouer à un jeu style entrainement cérébral du Dr Kawashima qui a aucune utilité et pour lequel il faut payer. Les gens pourraient télécharger gratuitement fold it!, faire marcher leur cortex cérébral rouillé par TF1 et s'amuser tout en étant utile

J'ai téléchargé le programme, je me suis inscrit, mais j'arrive pas à me logger au démarrage du programme. C'est un problème classique ou c'est moi qui suis à l'ouest ? (hypothèse très probable, j'avoue   )

Tu a validé ton inscription avec l'email qui t'a été envoyé. Tu es bien sous Windows XP, Vista ou Mac OS
 
Sinon j'ai pu me connecté hier vers 19-20h, j'y ai joué 30 minutes. Après j'ai voulu réessayer vers minuit mais là pareil une erreur "a timeout was reached: Error while fetching".
 
Ils doivent surement être un peu dépassé par l'engouement autour du projet, avec tous les articles dans la presse en Grande Bretagne et aux Etats-Unis, le jeu hors ligne marche (Play offl-ine), mais pas le jeu en ligne (log in avec le petit smiley souriant)
 
edit : je viens de réssayer et effectivement j'arrive pas à me connecter au jeu en ligne

 
C'est exactement mon problème, leur serveur semble effectivement à l'agonie. Je referai un essai demain matin quand les américains et européens seront en train de dormir  

Tu peux toujours essayer le jeu hors ligne. C'est vrai que même le site en lui même est très très lent.
Sinon c'est toi Svenn qui m'a répondu dans le sujet Translation que j'ai lancé sur le forum de Fold It! ?
 
Je viens de regarder le classement des meilleurs utilisateurs.
http://www.fold.it/portal/view/adobe_list_players
Les 2 premiers sont des gens du métier
Un informaticien des sciences fondamentales d'une Université dans le Michigan
Un biochimiste de l'Université de Washington
 
Le 3 ème est un ingénieur de Tel Aviv et n'a rien à voir avec la biochimie
Le 6ème est un étudiant en informatique à l'Université de Washington
 
On a aussi une personne qui est vraiment très douée dans l'AF, il a commencé le jeu aujourd'hui et il est déjà 85ème mondial avec 143 points
C'est ivan_w, chapeau    
Si il passe ici qu'il se dénonce  

 
Non, ce n'est pas moi.
 
Bon, je suis en train de galérer entre le programme qui ne marche pas et mon Vista en allemand où je comprends 50% du manuel d'aide

J'ai cru que c'était toi "Svenandliliandegossondevarennes" il m'a répondu qu'il parlait courrament le français, le suédois et le portugais et qu'il voulait bien aider à traduire le jeu dans ces 3 langues

 
Effectivement, ça pourrait porter à confusion mais je ne parle ni suédois ni portugais...
 
Edit : par contre, je dois pouvoir faire la traduction en français d'autant plus que je connais le vocabulaire spécifique à ce sujet.

 
Oui, ça serait vraiment bien si tu pouvais m'aider.
je pensais commencer à traduire à partir de demain la page de présentation du projet : http://www.fold.it/portal/info/science
Donc n'hésite pas à me dire les parties que tu voudrais traduire.
 
Après il y aura le jeu en lui même à traduire, mais là il faudra attendre le feu vert des programmeurs du projet pour savoir si c'est possible de le traduire. Comme il est possible de traduire Boinc, je pense qu'ils doivent aussi avoir prévu d'adapter foldit! en plusieurs langues, même si c'est surement pas leur priorité. En attendant je vais peut être faire des captures d'écran pour expliquer aux gens comment ça marche
 
Là je suis en train de traduire cet article du site Economist.com : http://www.economist.com/science/d [...] d=11326188
J'ai quasiment terminé

voilà l'article : http://www.boinc-af.org/content/view/940/303/
 
Foldit! Devenir prix Nobel ou faire ses devoirs, cruel dilemme
 

J'ai traduit la moitié de la page de présentation du projet, je terminerai demain soir.

 
 
  alors là t'es vraiment efficace, si j'avais voulu le traduire ça m'aurait surement pris 2 fois plus de temps que toi

Drapal, je vais jeter un coup d'oeil à tout ça.  

Bon, après avoir essayé un certain nombre de puzzles (j'ai fait cinquième ex-aequo sur un puzzle et dans les 30 premiers en général), il me semble que l'essentiel du score final se décide dans les 5 premières minutes, il s'agit de plonger dans "l'entonnoir" conduisant à l'optimum absolu et de ne surtout pas tomber dans un minimum local.
 
Avant d'utiliser les routines d'optimisations automatiques, il faut bien réfléchir à comment on veut associer les différents éléments de structure secondaire. La priorité absolue, c'est d'apparier les brins beta correctement entre eux et de tout verrouiller avec des liens élastiques (chaque aa d'un brin doit être lié à un aa de chaque brin voisin).  
 
Une fois que c'est fait, je démarre l'optimisation automatique (chaînes latérales puis chaîne principale sous contrainte des liaisons élastiques et j'arrête avant la fin de l'optimisation dès que les liaisons H sont apparues entres les brins. S'il y a des hélices, je vérifie que les résidus hydrophobes sont pour la plupart masqués et éventuellement, je les déplace (en lockant les brins beta) pour que les résidus hydrophobes se retrouvent dans la mesure du possible les uns en face des autres.
 
Je délocke les morceaux de protéines éventuellement lockés puis je refais un coup d'optimisation des chaînes latérales puis de la chaîne principale (toujours avec les liaisons élastiques) jusqu'au maximum. J'enlève ensuite les liaisons élastiques et je refais un tour d'optimisation automatique. En général, j'ai une solution très correcte à ce niveau là (dans les 100 premiers).
 
Il ne reste plus qu'à faire quelques cycles de : déplacement manuel aléatoire d'une partie aléatoire de la structure  (un déplacement d'une longueur correspondant à celle d'un gros acide aminé me semble pas mal), puis optimisation latérale/principale. Au bout d'une dizaine de cycles, ça converge et on ne grapille quasiment plus rien.  
 
Pour améliorer le score, il ne reste plus qu'à repartir du point de départ en essayant un appariement légèrement différent des structures secondaires : faire "coulisser" deux brins beta de deux crans mais en respectant l'ordre des brins dans le feuillet peut par exemple changer fortement le score final

Ca a l'air marrant ce jeu.

Avec ma méthode décrite au-dessus, je viens de prendre la première place sur le 53 !

Bravo Svenn    
 
J'ai pas encore réussi à faire mieux que 38 ème sur l'un des puzzles, mais là je vais essayer de suivre la totalité de ta technique. J'appliquais déjà les liens élastiques entre les brins, mais une fois que les brins étaient bien alignés et toute la structure bien compactée je savais pas trop comment améliorer davantage
 
Dommage que les scores du classement par équipe et par participant ne marche pas très bien, sinon je crois qu'on devrait être très bien placé

40 ème sur le 54 avec 8953 points, j'aperçois Svenn à la 26 ème place, 41 points devant moi, mais j'arrive pas à faire mieux

Drap' aussi    
 
Sur certaine molécules je me défends    mais sur quelques autres, j'avance à rien    
 
Y a un vieux dans le tas, l'est coriace l'animal  

Pour l'instant, je débute en mode en offline. Je m'exerce avant de me lancer complétement .
 
 
 
PS: Ouf j'ai craint le lynchage pour le déterrage

C'est pas un remontage inutile dans le cas de ce type de topic    
 
Bon, chuis en train de me battre avec le DPZ Domain Protein  

J'ai quand même beaucoup de mal à atteindre les premières places pour ma première journée... je dois tourner autour de la 50ème à chaque fois jusqu'à un seuil .  
 
Et pour l'instant je ne me tape que des protéines sans feuillet bêta ni helice alpha donc à part les compacter, je ne vois pas trop quoi faire ( ça a l'air un peu trop fastidieux de s'occuper de toutes les parties hydrophobes et de les microgérer pour les faire rentrer dans la partie interne de la structure).

La protéine, faut y rentrer sauvagement dans le lard!  
 
faut la tordre et la retordre jusqu'à mettre à genoux la lessiveuse et quand le programme finit par planter, t'as 250 points de plus quand tu reviens et la protéine est plus plate comme si elle avait reçu un grand coups de pelle dans la gueule!  

j'essaierai

http://fr.youtube.com/profile?user [...] iew=videos
Un tas de videos de pliage. C'est celles des teams qui gagnent un puzzle.
 
http://fold.it/portal/node/738599
Arf j'ai emmené l'Alliance à la 3e place sur celui-là          

http://fold.it/portal/node/987293  

Rhooooooooooooooo, mais à toi la gloire et les médailles  

Avec une molécule qui ressemble à rien    

Hop l'Alliance première sur ce puzzle      

Déterrage, avec l'article de Nature sur ce jeu que je découvre.
Bon, c'est un peu galère pour s'inscrire, vu que la touche @ ne fonctionne pas, il faut faire un copier-coller. Puis pour entrer le login, il faut cliquer sur les options. Mais une fois qu'on a réussi à se logger, ça se passe pas trop mal, le jeu est bien fait et didactique.

Ce que je reproche essentiellement, c'est que les gens derrière ce projet ne s'impliquent pas bcp. Il n'y a pratiquement pas de réactions de leur part dans les forums (les bugs que je décris existent depuis au moins 2 semaines et rien n'a été fait alors qu'ils doivent rebuter 90% des nouveaux arrivants sur le jeu), et il y a très peu d'explications scientifiques, voire aucune.

Il manque un peu d'explication pas scientifiques aussi      
Ce puzzle où j'ai emmené tout seul comme un grand l'Alliance à la première place c'était en ne sachant pas ce que je faisais      

Ben je trouve le tutoriel assez bien fait (les 29 challenges en solo), mais au bout on ne sait pas ce qu'est une hélice alpha, ni un feuillet beta et donc leur comportement naturel. Du coup, les liaisons hydrophobes se retrouvent à l'extérieur parce que l'optimiseur a calculé que c'était mieux ainsi.

Sinon il y a des tutoriels pour débuter sur youtube:
http://www.youtube.com/watch?v=2ad_ZW-mpOk
http://www.youtube.com/watch?v=oNM [...] re=related

Pas mal d'infos (stratégies, éducation) dans le wiki: http://foldit.wikia.com/wiki/FoldIt_Wiki

Et un cours complet de biochimie:
http://www.youtube.com/watch?v=Dhw [...] re=channel

up ?
 

Va pour le up      
 
Y a un moment que j'ai rien tordu, tiens  

bah c'est presque étonnant que le tomic ait pas été remonté suite à l'article de nature

Ouais, l'article de Nature:  Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players
 
"Following the failure of a wide range of attempts to solve the  
crystal structure of M-PMV retroviral protease by molecular  
replacement, we challenged players of the protein folding game  
Foldit to produce accurate models of the protein. Remarkably,  
Foldit players were able to generate models of sufficient quality  
for successful molecular replacement and subsequent structure  
determination. The refined structure provides new insights for  
the design of antiretroviral drugs."
 
Un problème sur lequel les scientifiques se cassaient les dents depuis 10 ans résolu en 3 semaines par les joueurs. FoldIt, ça sert.

En effet