Il faut lire le fichier ligne à ligne, et ne réécrire que les lignes dont les deux champs ID et numéro ne sont pas égaux à ceux des lignes qui ont déjà été écrites.
Petite astuce pour que le traitement soit plus rapide si le fichier est gros :
Il faudrait trier préalablement le fichier avec ces deux colonnes comme clés. Puis lors de la lecture et de l'écriture, le filtre ne se fera que par rapport à la ligne précédente, au lieu de se faire par rapport à tous les lignes précédentes.
Bon courage !