J'ai une appli qui utilise un jar que nous nommerons A.jar
ce jar utilise des librairies externe A1.jar, A2.jar, A3.jar, avec leur propre fichier de manifest
quel est la bonne façon pour packager tout cela en un seul jar ?

la bonne façon c'est de fournir les jars separés, le tout dans un tgz.  
dans le cas d'une appli standalone, pour peu que les licenses des jar te le permettent, tu peux utiliser uberjar pour packager le tout.
dans le cas d'appli web, j2ee t'as les formats specifiques war et ear..

+1 mais tgz pour windows... bof   ?!

y a pas de manière de fournir le tout dans un jar, et de lancer avec juste un java -jar MonJar.jar ?

Oui, tu peux créer un JAR qui comprend les classes de ton programme, ainsi que A1.jar, A2.jar etc tels quels.
 
N'oublie pas de spécifier le classpath vers les JARs A1..An. ANT est pratique pour ce genre de packaging.
 

http://sourceforge.net/projects/javalauncher/

uberjar bordel, j'l'ai déjà dit