Reprise du message précédent :
Ok

mon pipeline en RNA-Seq, c'est STAR / htseq-count / DESeq2

Merci.

mais y'a toujours beaucoup de gens qui utilisent tophat/cufflinks/cuffdiff
y'a pas (encore ?)vraiment eu le même consensus qu'avec bwa/GATK en exome

 
+ USA mais pas avec des fonds fédéraux donc.
 
Merci de vos réponses rapides et argumentées.  
 
L'aventure CRISPR-cas9 s'annonce riche en évolutions et innovations thérapeutiques.
 
Au delà des brevets, des débats éthiques et du futur business qui devrait se chiffrer en milliards, qui possède la légitimité de la découverte (et des honneurs et du possible prix Nobel qui vont avec)?
La littérature US ne parle quasiment que de l'américaine Doudna , la FR parle du couple FR/US Charpentier/Doudna.  

 
La légitimité de la découverte c'est clairement les deux, elles ont des compétences complémentaires et aucune des deux n'aurait pu mener seule ce travail à bien. Ce serait une énorme surprise qu'elles ne partagent pas le prix.

 
Tu peux regarder les plate-forme galaxy aussi :
 
https://usegalaxy.org

... si tu as beaucoup de temps devant toi

Grâce au téléthon, la France se serait hissée au premier rang mondial pour le décodage du génôme humain:info ou intox?

 
Je ne connais pas les chiffres mais ça me semble extrêmement douteux

Le sequencage du genome humain a ete fait en parallele avec un consortium public et une entreprise privee americaine (Celera Genomics, de Craig Venter).
 
Pour le consortium public:
https://fr.wikipedia.org/wiki/Proje [...] ernational

Putain ils ont vraiment dit ça ?

http://evenement.telethon.fr/2016/saga-genetique-72829
 

ça veut dire quoi déjà "se hisser au premier rang mondial pour le décodage du génome humain" ?
être ceux qui séquencent le plus d'échantillons ?
c'est pas les Chinois ?  

 
Quel que soit le sens que tu donnes à cette expression, on n'est surement pas au premier rang

On s'en fout, donnez des sous  

http://www.televie.be/

 
La Chine en tête pour le clonage humain?
http://www.slate.fr/story/129083/c [...] er-humains

à l'époque oui on était "en tête". Ensuite la politique débile du téléthon a fait que l'on a perdu notre rang de leader. C'est pourquoi il ne faut pas donner à cette asso qui gère ses thématiques de recherche en dépit du bon sens (mais pas en dépit des copains   ).

T'en fais pas, en ce moment t'as une vidéo qui circule sur facebook qui montre des chiens de labo et dit que le téléthon les finances. J'ai déjà vu 2-3 contacts partager ça. Le téléthon n'aura bientôt plus de sous

Tu peux développer stp ? Aucune idée de tout ça.

 
Bah c'est pas nouveau chez les labrador il y a une forme de myopathie proche de celle des humains et pour les tests pharmaco c'est plus plausible sur une bestiole de plusieurs dizaines de kg qu'un rat ou une souris. Il y a aussi le beagle mais je ne me souviens plus de la pathologie.

Sauf que la souris et le rat sont plus proches génétiquement de l'homme que le chien.
 
Idéalement, faudrait faire tous les tests sur des chimpanzés, mais bonjour l’éthique.

 
Pour un traitement qui agit sur les muscles, le mieux reste quand même de faire les tests sur des footeux ou des cyclistes pros. Ok ils sont plus éloignés de l'homme que les chimpanzés mais la contrepartie c'est que les anti-vivisections sont beaucoup moins regardants. L'autre avantage c'est que les tests sur le chimpanzé coutent cher alors que les tests sur les footeux rapportent plein de sous  

Pas faux.  

en général c'est plutôt pour l'immuno le chimpanzé, le beagle c'est pour les tests de cardiotox

C'est quoi le problème avec les chimpanzés ?
 
Il y a une hierarchie des animaux chez les amis des bêtes ?

ça coûte une blinde le chimpanzé...

Oui.
Tu auras plus facilement une autorisation d'experimenter sur 100 souris que sur 10 chiens, et sur 10 chiens que sur 1 singe.

Étrange.

C'est du spécisme

 
Oui très clairement. Du point de vue la facilité pour faire des essais voilà la hiérarchie implicite :  
 
drosophile >>>>>> souris >> lapin >>>>>>>>>>>>>>> chien, macaque >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>chimpanzé>homme
 

Il parlait d'éthique.

 
Il se trouve que l'échelle est la même sur le plan éthique.

 
il manque les lignées cellulaires et les simulations in silico

 
Je sais bien, mais de mémoire, c'est question d'effet sur la masse musculaire, après j'en ai aucune idée et j'ai pas bilbiboté sur le sujet mais c'est peut-être davantage mesurable / reproductible / rapprochant de l'appareil locomoteur humain chez le labarador que chez la souris.

et microorganismes

in silicio    c'est pas parce que les américains sont nuls en latin qu'il faut faire les mêmes fautes qu'eux  

in silico (comme in vivo, in vitro) n'a pas besoin d’être en italique (source: http://publications.europa.eu/code/fr/fr-5010100.htm )
 
Et in silicio, je ne sais pas d'ou ça sort.
 
Edit: ok:

 
Et sur plantes

j'aurai appris quelque chose de nouveau aujourd'hui  

in silicio car après in, c'est le datif