Reprise du message précédent :
  le dernier point est d'actu... "j'écris" mon hachedéhère    

 
Mais tellement...    
 
On parlait des CRISPR, cette news dans Nature est intéressante je trouve : http://www.nature.com/news/crispr- [...] or-1.17673

Le génome d’un millier de bières décodé grâce au grand public:
http://www.unige.ch/communication/ [...] icle2.html
 
Et le kickstarter:
https://www.kickstarter.com/project [...] er-genomes
 
Excellent ce projet !

J'avais vu cet article via Reddit, il est vraiment bien fait.
 
C'est trop bon de se replonger dans la bio après un gap de 10 ans, t'as un paquet de nouvelles techniques, des pans entiers de biologie/biotech/syn bio qui émergent etc... J'ai parfois l'impression de lire de la SF.  

 
  C'est clair que ça va drôlement vite.  

Bonjour à tous    
 
Quelqu'un aurait accès à cette article http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25918037 ?
je vous remercie d'avance  

je t'ai envoyé LE PREPRINT en MP

 
Merci à toi ! et à rasthor également  

J'ai ete trop lent.

tiens elle existe toujours la chaine d'e-mail là ?

An Estimate of the Total DNA in the Biosphere
 
http://journals.plos.org/plosbiolo [...] io.1002168
 
 
Oh Yeah

 
2 mois et demi d'attente pour 3 pauvres lignes de critiques de "reviewer #2", génial      

Normalement, c'est le reviewer 3 le mechant.

Edit: quel journal ?

Breast Cancer Research

Bonjour à tous,
 
Je suis depuis longtemps vivement intéressé par les sujets liés à la biologie, mais mes études m'ont plutôt porté vers l’ingénierie généraliste puis vers l'informatique.
Depuis quelques temps j'aimerai acquérir certaines connaissances sur ces thématiques, mais je ne sais pas ou commencer. C'est la que j'aurais besoin de vos conseils!
 
Afin de circonscrire le domaine d'étude, je vais vous expliquer rapidement les raisons récentes de ce regain d'intérêt.
J'adore cuisiner, et depuis quelques années je me passionne pour les fermentations alimentaires (levain, boissons fermentées, fromages ...).
Les fermentation spontanées sont mon sujet de prédilection, car je produis couramment des conserves de légumes lacto-fermentés, des limonades fermentées (utilisation d'un levain de gingembre par exemple) et du pain au levain.
 
Une simple constatation organoleptique,  me permet de voir que les produits utilisés et les conditions de réalisation vont avoir une influence non négligeable sur le résultat.
 
Je suis donc particulièrement intéressé pour identifier les processus à l’œuvre dans mes préparations alimentaires. Et j'aimerais vraiment être capable d'identifier la présences des principales levures et enzymes, faire le dosage des sucres résiduels (encore que, je pense pouvoir évaluer ça pour les liquides avec mon pèse sirop en faisant une mesure avant et après) faire le dosage éventuel de l'alcool, d'acide lactique et autre... Et aussi l'identification des éventuels éléments pathogènes les plus courants.
 
Cela reste un simple hobby, j'ai donc bien conscience qu'il me faudra du temps et un peu d'équipement...
Mais pour commencer j'aimerais avoir quelques pistes élémentaires (de préférence bouquin plutôt que site web pour avoir au moins quelques références stables et cohérentes ) sur les connaissances que je dois acquérir et l'équipement requis pour débuter.
 
Je serai éternellement reconnaissant à celui ou ceux qui pourront formuler quelques conseils!

Si les levures t'intéressent, il faut que tu frappes à la porte de Lesaffre
 
Trouver un bouquin vulgarisé sur la bactério à but culinaire, ça doit pas être simple
 
Pour ce qui est de faire des dosages et identification d'éléments (?) pathogènes, il te faudra beaucoup d'équipement et de savoir faire. J'espère que tu es riche

Tu cherches une thèse en quoi ?

Ca reste vague, tu veux bosser en animal/plante ? En lien avec la santé ?

pour les financements de thèse, tu te bouges un peu tard, car les concours des écoles doctorales sont en ce moment. pour les propositions de financement, tout passe par :
http://www.intelliagence.fr/
J'aurai peut être l'année prochaine un financement (toxicogénomique des nanoparticules).

Tu cherches dans un coin en particulier ?  
N’hésite pas non plus a regarder les offres en Suisse et en Angleterre si tu es pret a bouger.

Ce qui est sympa en France, c'est que les personnes qui ont un HDR sont limitées à 2 thésards sous leur direction
 
Moi, je te dirais de viser les labos leader dans ton domaine Parce qu'ensuite, ça t'ouvre toutes les portes

Ca c'est bien. On forme trop de thesards, du coup y'a un bouchon d’étranglement au moment de chercher un poste fixe dans l’académique.

Etre dans un labo leader, avec tant qu'à faire super ambiance, super moyens et un Nature/Science au bout...tout le monde aimerait bien

Mais ça existe des labo leader avec une bonne ambiance entre les membres du labo, mais c'est sûr qu'il y a toujours beaucoup de pression !
 
Sinon, rien de mieux que le bouche à oreilles. Renseigne-toi un max sur ton futur directeur de thèse (ou celui qui va t'encadrer) et sur le labo (fréquence des publis), tu vas quand même passer 3/4 ans avec eux.
 
Dans mon institut, je connais 3 thésards pour qui ça se passe mal (voire très mal) dans leur labo, mais quand tu connais un peu qui les encadre, eh bah c'est pas étonnant, s'ils avaient su ...

C'est toujours la même chose, sans y avoir mis les pieds où y connaitre quelqu'un, dur de savoir à l'avance où tu vas tomber. Parfois tu as de sacrées surprises une fois sur place...

Pas mieux que tous les autres. Sans forcément aller jusqu'au labo high leader, une petite équipe jeune et qui publie bien est une bonne option. Regarde aussi l'institut en général, s'il y a une bonne interaction avec les autres gens de ton domaine, c'est important de pouvoir discuter. L'ambiance est importante, c'est clair, surtout que les PI ne sont jamais formés à manager et il ne leur arrive rien si ça se passe mal, c'est donc souvent une histoire de personnalité.  
 
Je plussoie pour le bouche à oreille (en se méfiant quand même de certains caliméros). Il faut aussi garder à l'esprit que vu le turn over de personnes, les ambiances dans les équipes peuvent changer rapidement, pendant ma thèse, les trois premières années étaient super et la dernière catastrophique.
 
Je rajouterai : prend un sujet vraiment dans le scope de ton labo, pas un truc que ton PI aurait envie de tester pour voir, parce que d'un coup ça lui plait. C'est le meilleur moyen de galérer encore plus que la normale pour publier (et galérer en visibilité aussi).
 
HDR limités à deux thésards ?      sur le papier oui, en vrai c'est souvent autre chose.
 
Si tu n'es pas fixée sur quelque chose de particulier, regarde les équipes qui ont des ERC (et donc souvent des financements de thèse avec) ou autre grand financement. Pour du fonda en lien avec la santé, les centres cancéro (genre CLB à Lyon) qui a peut-être quelque chose dans ce que tu cherches et plus de financement. La suisse est également une bonne option, encore pas mal de thune et de bonnes possibilité (regarde à Genève et Lausanne, il y a des choses en biologie).

normalement une thèse en 1ere et une en 3e à 100%. Mais avec les co-directions (50-50), tu peux logiquement mnter à 4 ?

 
C'est surtout que ça magouille beaucoup et ça dépend beaucoup des ED (si elles sont regardantes strictes ou pas, si les PI sont potes avec les directeurs d'ED). On avait eu des cas dans la mienne à 5 thésards sous prétexte que le PI avait deux chercheurs encadrants qui n'avaient pas encore leur HDR (ce qui n'était pas faux en soi, ils l'ont passée plus tard, dont un seul des deux avant la thèse), ou encore qu'il avait un encadrant ayant eu sa thèse à l'étranger donc ne nécessitant pas d'HDR (mais sur le papier il avait pris son thésard). Si tu rajoutes les co directions tu peux encore augmenter le bordel. Je sais qu'en géol où j'avais pas mal de potes, c'était le même combat, surtout dans les équipes des grosses stars qui avaient plus de thésards qu'ils auraient du car les PI star faisaient la loi sur les ED.

 
WHAT ?   Je pense que je devrai quand même passer mon HDR, même si mon PhD n'est pas un doctorat français

bah oui, en France on aime bien faire ch... les collègues, alors que ceux venant de l'étranger n'ont pas ces soucis.
Qualif, HDR, ...

Ca te fait au moins une bonne nouvelle pour ton prochain retour en France

 
Les levures sélectionnées sont bien pratiques, mais de manière générale je suis plus intéressé par l'évolution des bactéries et enzymes indigènes dans des préparations. De plus je ne cherche pas un livre orienté spécifiquement vers cette activité. Je veux juste acquérir les bases générales qui me permettront de vérifier certaines choses.
 
Je sais qu'il me faudra du temps, et un certain budget (j'ai déjà commencé à me renseigner pour des microscopes, et ça monte assez vite pour avoir quelque chose qui va plus loin qu'un simple gadget). Je ferai donc mes investissements au fur et à mesure, je ne suis pas pressé et je ferai aussi des arbitrages en fonction de mes priorités.
 
Pour l'instant j'en suis uniquement à l'étape de prendre conscience de la masse de connaissance et de l'outillage à acquérir (phase d'évaluation!) je saurai rester réaliste ensuite.
 
Merci!

Drap

Quelqu'un aurait des infos sur la confections d'amorces pour PCR?

Genre ça existe des systèmes automatisés/informatisés connectés a une banque de donnée qui puisse sortir des amorces à la volée? (je rêve probablement)

 
Hum... je comprends pas tu veux faire quoi exactement ? Tu as beaucoup de fragments gènes ? Tu veux multiplexer ? Quel template ? (génomique, cDNA ?) ça changera tes paramètres aussi. Quel taille d'amplicon ? Tu parles d'une base, c'est pour relier ça à du séquençage massif et à une base perso ?
 
Le plus connu reste primer blast qui marche avec primer 3 (tu connais sans doute) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
Tu peux uploader ton fasta et ça te sortira des primers avec les paramètres que tu veux sur tes gènes d'intérêt, perso en général je retrie derrière. Sinon c'est connecté au NCBI.
 
Après rien ne remplace l'expérience, une 20 de nt, du AT en 5', du GC en 3' et 50% de compo en général ça marche, pour moins d'une trentaine d'amorces à chaque fois, perso j'aime autant faire à la main, j'ai moins de déchets (notamment quand il s'agit d'amplifier des séquences de merde avec répétition, tu vois avant à quoi t'attendre). J'ai développé une sorte de 6ième sens à force d'avoir séquencé beaucoup de choses dans les conditions les plus merdiques (primers dégénérés, gDNA dégradé etc) et j'adore jouer à ça avec mes étudiants qui flippent après coup : "nan, celui là il marchera pas, celui là OK".   Et sinon les polymérases phusion sont plus fidèles et donnent de bien meilleurs résultats sur les trucs un peu tricky.

 
Ca dépend de ce que tu veux faire avec tes amorces. Tu veux juste amplifier un segment d'ADN ou tu veux faire des trucs plus complexes ? (mutagenèse, ajout/suppression de sites de restriction ...)

 
il y aussi le logiciel du site Roche pour les amorces de qPCR
 

 
tu cherches pas un post doc ?  

Ah merci pour les réponses rapides , en fait dans mon cas c'est dans un cadre diagnostic (expérimental/universitaire), en microbio a l'hosto on a un GenXpert qu'on utilise principalement pour la tuberculose et les résistances mais c'est un système de cartouches complètement fermé, du coup je me demandais si il existait des systèmes plus ouverts ou l'ont puisse confectionner soit même les amorces sur la base des gènes de résistances connus  
 
Donc ca existe? C'est quoi comme matériel?   (Par contre j'imagine que ca doit pas être donné   )
 

 
Une connection internet et c'est tout.
 
Tu as simplement besoin de la séquence des gènes d'intérêt et notamment des région susceptibles de contenir les mutations, tu colles ça sur un serveur tel que https://tools.lifetechnologies.com/ [...] ageid=9716 et tu suis les instructions. Sinon ça se fait très bien à la main.
 
Le plus difficile, c'est presque de choisir le segment que tu veux amplifier pour ton application.

Mais dans ce cas là c'est bien une société qui fabrique les amorces pour toi donc? Ou bien l'informatique est connectée à une machine qui est capable de produire directement les amorces sur place?

 
Le principe c'est que tu designes tes primers, tu passes la commande à une société (MWG, GATC, Invitrogen ...) qui te synthétise ton oligo en 48 heures. Dans ton cas, ça devrait être de l'ordre de 5 euros le primer (pour 100 à 1000 réactions)

 
Un post-doc cherchant un post-doc  
(bon cela dit c'est mon deuxième)
(et j'aimerai bien pouvoir embaucher des gens   )
 
 
Cela dit tu peux venir à Urbana aux US, mon labo est cool !  
 
xsirx non tu ne peux pas "imprimer" tes primers comme ça, ça serait super cool quand on y pense. Mais effectivement, les sociétés citées te font la synthèse à partir d'un fichier, que tu leur envoies. En général je mets tout dans un excel et zou. Si tu en as beaucoup, n'hésite pas à faire jouer la concurrence mais en général tu as souvent un fournisseur déjà négocié pour un institut. C'était le cas pour moi dans tous les labos où je suis passée.